Οι επιχειρησιακοί στόχοι της  Διεύθυνσης Στρατηγικής Μεταφορών  είναι η διαμόρφωση προτάσεων αναπτυξιακής εθνικής στρατηγικής στον τομέα των  μεταφορών, η προώθηση πολιτικής καινοτόμων εφαρμογών και ερευνητικών προγραμμάτων στον τομέα ευφυών συστημάτων μεταφορών  και των αειφορικών μεταφορών, η επεξεργασία και εισήγηση μέτρων ανάπτυξης του κλάδου της εφοδιαστικής αλυσίδας, ο  συντονισμός, η παρακολούθηση της εφαρμογής και η αξιολόγηση της στρατηγικής των μεταφορών καθώς και ο συντονισμός των αρμόδιων υπηρεσιών του τομέα μεταφορών για χάραξη εθνικής πολιτικής στα θέματα που αφορούν τις σχέσεις μεταξύ Ελλάδας - ΕΕ και Διεθνών Οργανισμών.

Η Διεύθυνση Στρατηγικών Μεταφορών συγκροτείται από τα ακόλουθα Τμήματα:
 

α. Τμημα Σχεδιασμού & Ανάπτυξης Μεταφορών
 
β. Τμήμα Εφοδιαστικής Αλυσίδας
 
γ. Τμήμα Διεθνών Σχέσεων