Οι επιχειρησιακοί στόχοι της Διεύθυνσης Στρατηγικής Μεταφορών είναι η διαμόρφωση προτάσεων αναπτυξιακής εθνικής στρατηγικής στον τομέα των μεταφορών, η προώθηση πολιτικής καινοτόμων εφαρμογών και ερευνητικών προγραμμάτων στον τομέα ευφυών συστημάτων μεταφορών και των αειφορικών μεταφορών, η επεξεργασία και εισήγηση μέτρων ανάπτυξης του κλάδου της εφοδιαστικής αλυσίδας, ο συντονισμός, η παρακολούθηση της εφαρμογής και η αξιολόγηση της στρατηγικής των μεταφορών καθώς και ο συντονισμός των αρμόδιων υπηρεσιών του τομέα μεταφορών για χάραξη εθνικής πολιτικής στα θέματα που αφορούν τις σχέσεις μεταξύ Ελλάδας - ΕΕ και Διεθνών Οργανισμών.
Η Διεύθυνση Στρατηγικών Μεταφορών συγκροτείται από τα ακόλουθα Τμήματα:
α. Τμημα Σχεδιασμού & Ανάπτυξης Μεταφορών
β. Τμήμα Εφοδιαστικής Αλυσίδας
γ. Τμήμα Διεθνών Σχέσεων